המנזר בנוי סביב חצר מרכזית, וכניסה מקושתת מובילה אל מתחם הנזירים. במרכז המתחם ניצבת הכנסייה, המוקפת בתאי נזירים; מתחת למפלס החצר נמצאים הקריפטה וחדר האוכל. על פי המסורת המקומית, לאחר מותו של יות׳מיוס הופיעה דמותו בפני חסידיו. יות׳מיוס פעל בהתמדה לביסוס הנצרות באזור והמיר יהודים ופגנים רבים, הוכרז כקדוש, ויום הזיכרון שלו חל ב־20 בינואר.
טיול יום יפה במדבר יהודה מתחיל במנזר אותימיוס הגדול. משם נרד אל מקור המים של עין מבוע בנחל פרת, בנקודה הצופה אל נופי ואדי קלט. בהמשך נבקר במוזיאון השומרוני הטוב, עם אוסף פסיפסים מרשים במיוחד, נרד במדרגות אל מנזר סנט ג׳ורג׳ התלוי מעל אפיק הנחל, ונסיים בנבי מוסא – המקום שבו, על פי המסורת המוסלמית, נקבר משה.