История Яффо и его археология насыщена разными эпохами и отображена не только в материальной культуре, но и в исторических хрониках. Период железного века, когда в Ханаане практически параллельно со стороны моря и со стороны пустыни стали селиться разные племена, представлен относительно бедно, но точно. Со стороны моря Яффо и другие приморские города захватили народы моря, получившие прозвище вторженцы (плиштим). Они пришли с островов Эгейского моря и материковой Греции во время великого переселения народов. С востока в Ханаан вошли еврейские племена после ухода из Египта. Они перешли Иордан, и их местные жители стали называть иврим (евреи). С этого времени в Яффо остались артефакты, которые включали филистимскую керамику и остатки священного места под названием «Львиный храм» - зал размером 5,8 × 4,4 м, с двумя основаниями в центре для деревянных столбов, которые поддерживали потолок. Львиный череп был найден на полу, и рядом с ним половина печати скарабея (древний египетский символ). К этому период, вероятно, можно отнести эпизод в греческой мифологии, когда Персей, спасающий прикованную к скале прекрасную Андромеду - дочь царя Яффо, извлек из сумы голову медузы Горгоны, и морское чудовище, которое вот-вот уже добиралось до своей жертвы – Андромеды, от взгляда Горгоны превратилось в камень. Камень растрескался и развалился у берегов, создав опасные скалы у входа в порт, но все были спасены, а молодые жили долго и счастливо.