Францисканцы построили не только церковь, но и большой постоялый двор, который использовался практически всеми европейскими паломниками в Святую землю в 17-ом и 18-ом веках. Наполеон и его многочисленная научная экспедиция в Святую землю, располагалась в этом постоялом дворе в 1799г. После похода Наполеона церковь и постоялый двор несколько раз разрушались и выстраивались заново, пока в период с 1888 по 1894 г. не было построено современное здание в стиле Барокко при поддержке и на пожертвования Испанского королевского двора. В 1903 г. комплекс зданий был расширен и церковь являлась кафедральным собором католической общины Яффо до строительства храма св. Антония в 1932.