פרנציסקאנים בנו לא רק את הכנסייה, אלא גם פונדק גדול, ששימש כמעט את כל עולי הרגל האירופיים לארץ הקודש במאות ה-17 וה-18. נפוליאון ובכירי צבאו ומדענים רבים שהצטרפו למסעו לארץ הקודש, חנה בפונדק בשנת 1799. לאחר הקמפיין של נפוליאון, הכנסייה והפונדק נהרסו ונבנו מחדש מספר פעמים עד שהבניין המודרני בסגנון הבארוק פתח את דלתיו בשנת 1894 בתמיכתו ובתרומה הכספית של בית המלוכה הספרדי. בשנת 1903 הורחב המתחם, והכנסייה הפכה לקתדרלה של הקהילה הקתולית ביפו. החזות העכשיות הוענקה למקום בשנת בשנת 1932.