הנזירים הפרנציסקנים לא הסתפקו בבניית הכנסייה, אלא הקימו גם פונדק גדול, ששימש את מרבית עולי הרגל האירופים לארץ הקודש במאות ה-17 וה-18. בשנת 1799 חנה בפונדק נפוליאון יחד עם בכירי צבאו ומדענים רבים שליוו את מסעו.
לאחר נסיגתו של נפוליאון, נהרסו הכנסייה והפונדק ונבנו מחדש מספר פעמים. הבניין המודרני בסגנון הבארוק נפתח בשנת 1894, בתמיכת בית המלוכה הספרדי. בשנת 1903 הורחב המתחם, והכנסייה הוכרה כקתדרלה של הקהילה הקתולית ביפו. חזותה הנוכחית הוענקה לה בשנת 1932, ומאז היא מהווה מוקד דתי והיסטורי חשוב בעיר.
הסיור ביפו העתיקה מתחיל מהחניון הדרומי הגדול ומוביל דרך הנמל הציורי, שטומן בחובו את ההיסטוריה העשירה של העיר. משם ממשיכים בסמטאות הצרות של העיר העליונה עד לבית אילנה גור, מוזיאון מרתק המשלב אמנות, עיצוב והיסטוריה. הסיור ממשיך אל סדנתו של האמן פרנק מייסלר, שם ניתן להתרשם מפסליו הייחודיים. בדרך חולפים על פני "התפוז המרחף" – אחת האטרקציות המסתוריות של יפו, ומגיעים לפארק אברשה, המשקיף על תל אביב ונוף הים התיכון. משם ממשיכים לכיכר המזלות, שטומנת בחובה אווירה קסומה ומסתורית, ולכנסיית סנט פטרוס המרשימה. לאחר מכן, יורדים חזרה לנמל, שם ניתן ליהנות מאווירת הים והסירות, לפני שחוזרים לחניון וחותמים את הסיור בחוויה בלתי נשכחת.
