После первого изгнания прошло почти 100 лет, прежде чем евреи начали возвращаться в Вену. В 1512 г. в Вене поселилось около 15 еврейских семей. В 1648-1649 гг. в Вену прибыло некоторое количество евреев с Украины бежавших от Богдана Хмельницкого. В 1624 австрийский император Фердинанд II создал в Вене гетто в нынешнем Леопольдштадте. Но уже в 1669 г. император Леопольд I изгнал евреев из Вены во второй раз. При этом синагога в Леопольдштадте была превращена в католическую церковь св Леопольда. Второе изгнание евреев из Вены было намного короче первого. Казна Австрии была разорена войной с турками и императору нужны были еврейские деньги. Евреям было позволено вернуться в Вену, но они были обложены высокими налогами. Лидерами восстановленной еврейской общины Вены стали "придворные евреи" Шмуэль Оппенгеймер и Самсон Вертхаймер. На протяжении 18-го века еврейская община Вены оставалась очень маленькой. Марии Терезии называла евреев "самой страшной напастью". Около 500 евреев жили в Вене. Венские евреи страдали от самых разных дискриминационных законов. Так евреям было запрещено иметь свою религиозную общину и проводить публичные богослужения. Некоторые послабления в этом отношении наступили во времена сына Марии Терезии Иоcифа II. Правда реформы Иосифа II касались в основном богемских (чешских) евреев (так в Праге было упразднено гетто и благодарные пражские евреи назвали квартал в котором они продолжали жить Юзефовым). Тем не менее Эдикт 1782 г. декларировал цель "сделать евреев полезными для государства" и позволил детям евреев посещать общеобразовательные школы и университеты, позволил евреям свободно заниматься торговлей и предпринимательством, отменил обязательное ношение желтой звезды Давида, а также специальный "еврейский налог". Тем не менее евреям было запрещено пользоваться ивритом и идишем и их обязали использовать только немецкий. Все это дало толчок к развитию ассимиляторских тенденций среди евреев Вены.