ההיסטוריה של עמוקה מתחילה בתקופת המשנה והתלמוד. (המאות שלאחר חורבן הבית בידי הרומאים). היישוב שנמצא כאן נקרא כפר אמיקו. הצלבנים הזכירו כפר יהודי ליד צפת, והנוסע במאה השש-עשרה, משה בסולה, תיאר את אמוקו כך: "על סוסים מצפת רכבתי לחקור את הסביבה. יש את הכפר עמוקה. השם נכון לחלוטין - הוא כמו עמק בין הגבעות. " ואמנם עמוקה ממוקמת מעל עמקי הגליל ומציע נופים עוצרי נשימה.