Железнодорожная станция Рош ха-Айн, основанная в 1915 году как "Рас аль-Айн", появилась под турецким владычеством в Израиле во время строительства восточной железнодорожной линии и затем использовалась в период Британского мандата. В 1920 году её расширение способствовало экспорту цитрусовых из Пардес Ханны, а в 1937 году там произошло столкновение двух грузовых поездов. Во время Второй мировой войны она снабжала близлежащие британские лагеря и после войны и принятия британскими властями Палестины дискриминационных антиеврейских законов, стала объектом атаки Хаганы в 1946 году. 13 июля 1948 года, в ходе Войны за независимость, станция была захвачена ЦАХАЛом, и функционировала до 1993 года, когда пассажирские линии были закрыты из-за новой железной дороги через Аялон.

3 июня 2000 года станция была вновь открыта в рамках линии Тель-Авив - Рош ха-Айн, но затем снова была закрыта после открытия линии Тель-Авив - Кфар Саба, уступив место станции Рош ха-Айн Север в 2003 году. В 2012 году были одобрены планы по её ревитализации в рамках электрификации железных дорог Израиля с целью соединения её с линией Рош ха-Айн - Лод.

В 2016 году было одобрено новое открытие в рамках восточной железнодорожной линии, включая пешеходный и велосипедный мост через шоссе 6. Её возрождение стало ключевым моментом в соглашении о плане жилищного строительства с муниципалитетом Рош ха-Айн. Однако из-за бюджетных ограничений 2021 года планы по обновлению станции и дополнительных проектных станций были изменены. С того времени она стоит запущенной питая надежды на обновление и возрождение.