בית הכנסת הלובי היה ככל הנראה הראשון שנבנה ביפו בתקופה המודרנית. הוא מוזכר לראשונה באמצע המאה ה-18, אז נטען כי נרכש או נבנה על ידי רבי יעקב בן דוד זונאנה עבור "ועד הפקידים והאזרחים הישראלים באיסטנבול". מטרתו הייתה לשמש כחאן עבור עולי רגל יהודים שהגיעו לארץ דרך נמל יפו בדרכם לירושלים ולערים הקדושות.
בסוף המאה ה-18 התדרדר מצבה הכלכלי של הקהילה היהודית בארץ, כאשר המחוז של ארץ ישראל באימפריה העות'מאנית נקלע למשבר כלכלי וחברתי. בשל כך, נזקקו יהודי יפו לעזרת הקהילות האירופיות, אך הסיוע הופנה בעיקר לירושלים. רבים מיהודי יפו עזבו את העיר, והרכוש היהודי נותר ללא השגחה. המקומיים הערבים השתלטו על הנכסים, ובית הכנסת הפך למדרסה. עולי רגל יהודים הורשו להתפלל במקום רק שלושה ימים בשנה, בחגים.
מלחמות נפוליאון וההרס שפקד את יפו במאות ה-18 וה-19 הביאו להיעלמות הקהילה היהודית יחד עם שאריות החאן. בשנת 1948 הגיעו לעיר עולים מלוב, שהתיישבו ביפו העתיקה שננטשה בחלקה על ידי תושביה הערבים. הם קיבלו את מפתחות המבנה מידיו של כומר פרנציסקני מבית המנזר הסמוך, שסיפר להם כי בעבר שימש המקום כבית כנסת של הקהילה היהודית. הם הפכו אותו לבית הכנסת שלהם, וכך חזר המבנה לייעודו המקורי.
הסיור ביפו העתיקה מתחיל מהחניון הדרומי הגדול ומוביל דרך הנמל הציורי, שטומן בחובו את ההיסטוריה העשירה של העיר. משם ממשיכים בסמטאות הצרות של העיר העליונה עד לבית אילנה גור, מוזיאון מרתק המשלב אמנות, עיצוב והיסטוריה. הסיור ממשיך אל סדנתו של האמן פרנק מייסלר, שם ניתן להתרשם מפסליו הייחודיים. בדרך חולפים על פני "התפוז המרחף" – אחת האטרקציות המסתוריות של יפו, ומגיעים לפארק אברשה, המשקיף על תל אביב ונוף הים התיכון. משם ממשיכים לכיכר המזלות, שטומנת בחובה אווירה קסומה ומסתורית, ולכנסיית סנט פטרוס המרשימה. לאחר מכן, יורדים חזרה לנמל, שם ניתן ליהנות מאווירת הים והסירות, לפני שחוזרים לחניון וחותמים את הסיור בחוויה בלתי נשכחת.
