История церкви Агонии как и церкви Преображения на горе Тавор неразрывно связанна с выдающимся итальянским Архитекором Антонию Барлуцци, прибывшем в Иерусалим в сотаве войск Английской армии под командованием генерала Алленби. Настоятель ордена Францисканцев, знакомый с семьей Барлуции, благодаря историческим связям семьи с Ватиканом, поручает Антонио первый проект на участке земли в Гефсиманском саду, приобретенным орденом в Турецкой Палестине еще в 1681 г. Средства на строительство храма были пожертвованы многими католическими общинами разных стран и этот факт отображен в одном из названий церкви - Храм всех Наций. Еще в конце 19-го века на месте современной церкви проходили археологические раскопки, выявившие фундамент церкви времен Византийской империи, и развалины церкви крестоносцев, разрушенной Салах ад Дином. Барлуцци сумел соединить в своем проекте древниюю историю и особое таинство последней молитвы Иисуса в Гефсиманском саду в ночь с четверга на пятницу. Внутренне пространство церкви разделено на три нефа. Центральный, распологающийся над скалой, показывает предположительное место мольбы Иисуса о чаше: Тогда говорит им Иисус: душа Моя скорбит смертельно; побудьте здесь и бодрствуйте со Мною. И отошед немного, пал на лицо Своё, молился и говорил: Отче Мой! Если возможно, да минует Меня чаша сия; впрочем не как Я хочу, но как Ты. (От Матфея" (26:36/45) Боковые нефы несут в своих абсидах мозаичне панно, повествующие о происходивших в Гефсимании событиях: Поцелуй Иуды, "Спаситель в Агонии","Я есмь". В Храме принято сохранять тишину, дабы ощутить события этой последней ночи Иисуса. Свет в церковь проникает через приглушенные витражи окон, создавая полумрак, напоминая верующим о скорби, таинстве, грядущей смерти и зтем воскресении.