Этот собор был заложен во времена правления князя Витовта. Изначально в готическом стиле, а затем в ходе многочисленных перестроек он приобрёл черты стиля барокко. В соборе хранится византийская икона богоматери, подаренная Витовту византийским правителем в честь обручения внучки Витовта с византийским цесаревичем Эммануилом. Во время эпидемии чумы в 17-ом веке священник Вайна предпринял ход покаяния из Тракая в Вильнюс с носом иконы. По пути были молебны и покаяния. Говорят, Чума отступила.