ציורי הקיר של הכנסייה הם פרי יצירתם של אמונים יווניים שהשתמשו בטכניקה ייחודית של ציור על בד המודבק על הקירות. המוטיב העיקרי הוא דמותם של שנים עשר השליחים, שבזכותו קיבלה הכנסייה את שמה. בכנסייה יש תמונות של קדושים רוסיים: שרפים מסרוב, שמעון כנענית (לפי אחת המסורות, יליד כפר נחום), סרגיוס מראדונז'. מעל משקוה הכניסה לאולם התפילה מתוארת פנטסמגוריה של סוף העולם, שהיא העתק של תמונה נדירה מהמאה ה-16, שנשמרה במנזר יווני קטן ברובע הנוצרי של ירושלים העתיקה.