בשמורת אלוני אבא ניתן למצוא בעיקר את אלון התבור (Quercus ithaburensis), המהווה את רוב היער בשמורה. אלון התבור הוא עץ נשיר גדול, המתאפיין בעלים גדולים ושעירים ובלוטים גדולים. בעבר, יערות של אלון התבור כיסו שטחים נרחבים בגליל התחתון, אך רובם נכרתו במהלך השנים. שמורת אלוני אבא, שהוכרזה ב-18 במאי 1994, משמרת חלק מיער הפארק הטבעי הזה. 
בנוסף, בשמורה ניתן למצוא גם את אלון מצוי (Quercus calliprinos), עץ ירוק-עד עם עלים קטנים וקשים. אלון מצוי נפוץ בחורש הים-תיכוני ויוצר סבך צפוף. ההבדלים העיקריים בין שני המינים הם בגודל העץ, סוג העלווה (נשירה מול ירוקת-עד) וגודל הבלוטים.
ההכרזה על השמורה נועדה לשמר את יער אלון התבור שנותר, המהווה דוגמה ליער הפארק שאפיין בעבר את הגליל התחתון.
שמורת אלוני אבא היא שריד ליער האלונים שהשתרע בעבר על פני הגליל התחתון. השם “אלוני” מתייחס לעצים המרשימים שבתחומה, ואילו “אבא” מנציח את אבא ברדיצ’ב, צנחן ולוחם פלמ”ח שנשלח לאירופה הכבושה במלחמת העולם השנייה ולא שב.
השמורה מתאפיינת ביער פתוח שבו שולטים אלון התבור ואלון מצוי, לצד עצי חרוב וצומח עשיר. בחורף ובאביב, השטח מתכסה בפריחה מדהימה של כלניות, רקפות וסחלבים, במיוחד באזורים בהם הקרקע מחלחלת ושומרת על הלחות הדרושה לצמחים אלו.
ליד השמורה נמצא ישוב אלונים שהוקם על בתי היישוב וולדהיים (Waldheim – “בית ביער”), שהוקם בשנת 1907 בידי טמפלרים גרמנים. בני הקהילה הטמפלרית, שהתיישבו בארץ הקודש מתוך אמונה דתית עמוקה, פיתחו חקלאות מתקדמת והשאירו חותם בנופי הארץ. בתקופת מלחמת העולם השנייה, עם גירושם מהארץ על ידי הבריטים, ננטש היישוב ובהמשך אוכלס מחדש על ידי מתיישבים יהודים, שקראו לו אלוני אבא.
הטיול בשמורה מציע חוויית טבע של צל אלונים רחבים, סלעי גיר עתיקים ופריחה מרהיבה, אך כדי להשלים את החוויה, מומלץ לצאת מגבולות השמורה. הליכה דרך השדות שמסביב, במיוחד בעונת החורף והאביב, היא תענוג מיוחד – גבעולי החיטה הירוקים מתנועעים ברוח, הקרקע ספוגה במים אך לא ביצתית, והשבילים בין השדות מובילים לנופים פתוחים ולמרחבים אינסופיים.
זהו מסלול שמשלב טבע, היסטוריה, וחיבור לנופי הגליל של פעם, הזדמנות לחוות את הארץ כפי שהייתה וכפי שהיא ממשיכה להתחדש בכל עונה.
