בכיכר המרכזית של העיר העתיקה, הנקראת כיכר קדומים, נמצא מוזיאון ארכיאולוגי תת קרקעי. הוא מוקדש להיסטוריה הארוכה של יפו, מציג ממצאים ארכיאולוגיים, ציורי אמנות ויצירות אחרות. על קירות עולם הכניסה מקרינים סרטון יפה שמספר על תולדות העיר מראשיתה לאורך 5.000 שנות קיומה. בנוסף מתקיימות במוזיאון תערוכות זמניות, הרצאות וסמינרים. עבודות המחקר נמשכות ואוסף המוזיאון מתמלא בממצאים חדשים ובעתיקות ייחודיות.