היסטורית, ההתיישבות המודרנית במקום קשורה ליישוב שקם כאן במחצית השנייה של המאה ה-8 לספירה. חורבן כפר נחום העתיק היה מזמן ולא קשור למה שהתרחש בימי הממלכה המוסלמית הראשונה. הכנסייה נבנתה בין השנים 1927 ל-1931. לפני הקמת הכנסיה עם כיפות אדומות היו באתר זה מנזר קטן ובית חורף, לביקוריו של הפטריארך הירושלמי. לאחר מלחמת העצמאות הפך שטח המנזר והכנסייה לשטח מפורז שבין סוריה לישראל, ומשפחה דרוזית התיישבה בבית החורף של הפטריארך. הכנסייה עמדה ריקה. לאחר מלחמת ששת הימים ב-1969 הגיע האח אירינארך למנזר ושיקם את הכנסייה.