הכנסייה המודרנית נבנתה על יסודות כנסייה מהתקופה הביזנטית ושרידי מבנים צלבניים. הכנסייה הביזנטית נהרסה במהלך הפלישה הפרסית בשנת 614 לספירה, ושוקמה חלקית בסוף התקופה הביזנטית.
במאה ה-13, הקיסר הגרמני פרדריך השני בנה מבצר גדול על חורבותיה, אך זה נהרס בידי המוסלמים. במהלך מסע הצלב השביעי, המלך הצרפתי לואי התשיעי שיקם את המבצר, הכנסייה והמנזר, אך בשנת 1264 החריבו אותם הממלוכים. למרות ההרס, אחד המגדלים המעוגלים למחצה שרד ושולב בבניית הכנסייה המודרנית, שהוקמה על ידי הנזירים הפרנציסקנים בשנת 1654.
הסיור ביפו העתיקה מתחיל מהחניון הדרומי הגדול ומוביל דרך הנמל הציורי, שטומן בחובו את ההיסטוריה העשירה של העיר. משם ממשיכים בסמטאות הצרות של העיר העליונה עד לבית אילנה גור, מוזיאון מרתק המשלב אמנות, עיצוב והיסטוריה. הסיור ממשיך אל סדנתו של האמן פרנק מייסלר, שם ניתן להתרשם מפסליו הייחודיים. בדרך חולפים על פני "התפוז המרחף" – אחת האטרקציות המסתוריות של יפו, ומגיעים לפארק אברשה, המשקיף על תל אביב ונוף הים התיכון. משם ממשיכים לכיכר המזלות, שטומנת בחובה אווירה קסומה ומסתורית, ולכנסיית סנט פטרוס המרשימה. לאחר מכן, יורדים חזרה לנמל, שם ניתן ליהנות מאווירת הים והסירות, לפני שחוזרים לחניון וחותמים את הסיור בחוויה בלתי נשכחת.
