הכנסייה המודרנית נבנתה על יסודות הכנסייה מהתקופה הביזנטית ושרידי המבנים מימי הצלבנים. הכנסייה הביזנטית נהרסה במהלך הפלישה הפרסית בשנת 614 לספירה, ושוקמה חלקית בסוף השלטון הביזנטי בארץ הקודש. המלך הגרמני פרדריך השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, בנה מבצר גדול על חורבות הכנסייה הביזנטית, שנהרסה על ידי המוסלמים ונבנתה מחדש במהלך מסע הצלב השביעי על ידי המלך הצרפתי לואי התשיעי. הבצר, הכנסייה והמנזר נהרסו בשנת 1264 לספירה על ידי הממלוכים. אך אחד המגדלים המעוגלים למחצה השתמר והוא שימש בבניית הכנסייה המודרנית על ידי הנזירים הפרנציסקאנים בשנת 1654.