מנזר המלאך מיכאל הוא כמעט המנזר היחיד ביפו, בו נבנו יחסים מיוחדים בין ראשי הכנסיוה הרומנית והרוסית האורתודוכסית. לאחר השריפה ההרסנית בשנת 1994, כנסיית המנזר שופצה ולמרות המראה הצנועה שלה מבחוץ, האיקונוגרפיה של חלל הפנים שלה מפצה חזק על הצניעות החיצונית. בארץ הקודש נהוג לקדש את הקדוש גאורגיוס. לא הרחק מיפו שוכנת עיר לידה (לוד) העתיקה - עיר שקשורה קשר הדוק לחייו של גיאורגיוס. למרות זאת כאן הכנסייה מוקדשת לארכנגל מיכאל. מדוע? המלאכים גבריאל ומיכאל הם שליחי האל ומוזכרים בסצינות שונות מן הבשורה. הכנסייה הרומנית, שכמעט אין לה את הקהילות שלה בארץ הקודש, למעט ביפו, מחזקת את ערכה ומעצימה אותה, על ידי הקדשת כנסיית המנזר לארכנגל מיכאל. ביפו התקיימה גם הקהילה היוונית אורתודוקסית. היו שייכים לה אדמות רבות מחוץ לעיר. למשל, כנסייה ומנזר של טבתא הקדושה. קהילה היוונית שנחלשה רבות בסוף המאה ה-19, מסרה את אדמותיה לכנסייה הרוסית. כך, קיבלה הגנה וחסות, מצד הכנסייה הרוסית. זאת לעומת הכנסייה הרומנית ששמרה על עצמאותה. הקהילה היוונית, הרומנית והרוסית הן כולן מזרם האורתודוקסי של נוצרות. היחסים הטובית שבין הכנסייה הרומנית בתוך העיר לבין הכנסייה היוונית מחוץ לעיר - היא דוגמא כמעט בודדה במרכם העדין של המציאות הים תיכונית של יפו.