בית הכנסת נבנה בתקופת שלטון האימפריה העותומאנית. לעות'מאנים היה חוק על הריסת בתים: הבניין אינו נתון להריסה, אם הגג נבנה. בוני בית-הכנסת ניצלו את החוק הזה, ובאמצע הלילה בנו כל חברי היישוב בחשאי בית-כנסת ובבוקר נתנו את הבניין לאורווה. בכל פעם ששלטונות תורכיים באו לשאול מה הם בונים שם, ענו התושבים כי הם בונים אורווה. לבסוף, לילה אחד הם בנו את גג בית הכנסת, ולמחרת בבוקר הופתעו הפקידים לראות שיש בית כנסת באתר האורווה. סיפור נוסף הקשור לבית הכנסת הזה ידוע ממסעו של הרבנים להתנחלויות הברון רוטשילד. כשהגיעו לבית הכנסת בזכרון יעקב, הם גילו שהתעלות התפילה היתה לפני האולם הסמוך לארון, כמו אצל יהודים אשכנזים. הרבנים, ובראשם הרב קוק, הודיעו שהם לא יילכו לבית הכנסת עד שהם היו בטוחים שהבמה לא תעבור למרכז המסדרון בהתאם למסורת היהודית המסורתית. Translated with Google Translate