Церковь Рождества Пресвятой Богородицы расположена в историческом районе Москвы, который раньше называли Кулишки. «Кулишки» (правильнее кулижки) — старинное русское слово, трактуемое различными источниками по-разному. Среди вариантов значений можно найти и топкое болотистое место, и лес после порубки. Старинный район Кулишки был расположен в месте слияния Москвы-реки и Яузы. В настоящее время это район Солянки с прилегающими переулками до Яузского бульвара и набережной Яузы и вся территория бывшего Воспитательного дома.

Церковь расположена на стрелке, образованной Подколокольным переулком и Солянкой. По всей видимости, Подколокольный переулок получил своё название по колокольне, от которой он начинается и идёт в сторону Хитровской площади.

В 1547 году на этом месте упоминается деревянная церковь Рождества Богородицы на Кулишках (на Стрелке) — на развилке двух древних дорог — в Заяузье (Улица Солянка; бывшая Большая Коломенская дорога, доходящая до Коломны на Оке и далее идущая в Рязанское княжество), и в великокняжеское село Воронцово на Воронцовом поле (Подколокольный переулок).

В связи с расположением здания церкви у места сбора общерусского войска на Васильевском лугу перед походом на Куликово поле и посвящением главного престола Рождеству Пресвятой Богородицы, известный историк и архивист начала XIX века А. Ф. Малиновский в своём фундаментальном рукописном труде «Обозрение Москвы» связывал первоначальную постройку деревянного храма на этом месте с увековечиванием памяти русских воинов, павших на Донском побоище 8 сентября 1380 года. Поскольку его труд впервые был опубликован лишь в 1992 году, эта важная информация оставалась совершенно не замеченной почти 170 лет.

В 1600 году на месте деревянной церкви была построена кирпичная.

Нынешнее здание Рождественского храма в стиле зрелого классицизма построено по проекту архитектора Д. Балашова (по другим сведениям — братом В. И. Баженова — Дмитрием Баженовым) в 1803—1804 годах на месте старого, при колокольне и трапезной, отстроенных в 1801—1802 годы.

Храм сильно пострадал во время пожара 1812 года: огонь уничтожил ротонду, были похищены серебряные оклады икон, венцы, лампады, одежды, антиминсы.

Храм был закрыт в 1935 году, обезглавлен, но устоял. В советское время в здании церкви размещались: скульптурная мастерская, «Леспроект», рентгено-радиологический институт, медицинские учреждения, салон красоты.

В 1991 году был возвращён Русской Православной Церкви, возобновлено богослужение.

В 1996 году по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II храм Рождества Пресвятой Богородицы на Кулишках был передан московской осетинской общине и стал известен как Аланское подворье.