במושבה הגרמנית השוקקת, בין מבני הטמפלרים המרהיבים, מקדיש מוזיאון העיר חלק נכבד מפעילותו לפרויקטים העוסקים בהיסטוריה, בעירוניות, בזהות, ברב לאומיות ובבין תרבותיות. התערוכות שבו עוסקות בשאלות עקרוניות למארג האנושי של העיר. תערוכת הקבע היא מבוא להתהוותה של חיפה המודרנית דרך שלוש תקופות מרכזיות בתולדות העיר: התקופה העותמנית, המנדט הבריטי ומדינת ישראל. המוצגים שנשמרו מתארים את חיפה כעיר מעורבת, ערבית- יהודית, מנקודות מבט אוריינטלית וקולוניאליסטית.