Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник имени Е. Д. Фелицына был основан в 1879 г. С 1991 г. музей-заповедник носит имя своего основателя Евгения Дмитриевича Фелицына. Указом президента РФ отнесен к объектам федерального значения. Всего в фондах Краснодарского государственного историко-археологического музея-заповедника хранится 428,4 тыс. экспонатов.

В 1879 году секретарь Кубанского областного Статистического комитета Е. Д. Фелицын основал Войсковой этнографический и естественно-исторический музей. Официальный статус музей получил 12 июля 1908 года. К 1917 году музейный фонд Войскового этнографического и естественно-исторического музея составил более 11 000 предметов.

В конце 1918 года возникла идея создания Центрального областного музея. Основу нового Кубано-Черноморского Областного музея составил бывший Войсковой музей с коллекцией более 13 000 предметов. С 1924 года Краснодарский музей получил статус Научного.

С середины 30-х годов музей называется Краснодарским краеведческим музеем. Фонд музея составил 40 000 предметов. Коллекции пополнялись за счет археологических и палеонтологических экспедиций.

В период Великой Отечественной войны основная деятельность была по изучению природных богатств Кубани, выявлению сырьевых ресурсов. О деятельности музея в период немецкой оккупации известно очень мало.

После освобождения города музей продолжил работу. С июля 1961 года музей располагается в бывшем особняке Богарсукова на улице Гимназической 67. Во второй половине 70-х годов возрождается интерес к этнографии.

В 1977 году на базе Краснодарского краевого, Анапского и Темрюкского краеведческих музеев, а также ряде других музеев края создается Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник. Открываются новые выставки, пополняются коллекции, ведется большая научно-просветительная работа.