Фрески церкви являются плодом творения греческих мастеров и часть из них представляет собой уникальную технику росписи по ткани наклеенной на стены. Основным мотивом является изображение двенадцати апостолов, благодаря которому церковь получила свое название. В церкви есть иконы русских святых: Серафим Саровский, Симон Кананит (по одной из традиций уроженец Капернаума), Сергий Радонежский. Над входом в самом храме изображена фантасмагория конца света, являющаяся репликой на икону 16-го века, хранящуюся в малом греческом монастыре в христианском квартале старого Иерусалима.